また、開港地である箱館には、外国人が数多く上陸し、領事館など諸外国の居住地が隣り合っていました。そこで五稜郭および箱館奉行所には、日本を治める幕府の政庁としての威信が求められたはずです。

国の特別史跡・五稜郭跡の歴史的意義や価値を伝えるには、奉行所の復元をふくめた整備が必要であると考えられてきました。五稜郭および箱館奉行所は、江戸幕府が直接かかわって築造し、さらに幕末という近代の史跡であることから、多くの資料が存在すると考えられました。また、奉行所が取り壊された後も、五稜郭は積極的な活用はされず、公園として一般開放されましたが、国の史跡として厳しい開発規制がかけられていたために、石垣、土塁もよく保存され、遺構も残存することになりました。

昭和58（1983）年ころから、奉行所をふくめた五稜郭全体の復元整備をめざして、市立函館図書館（現　函館市中央図書館）・市立函館博物館などに保存されている関連資料の調査が始まりました。函館図書館は、岡田健蔵が私費を投じて設立した当初から郷土資料を精力的に収集しており、五稜郭や箱館奉行所に関する貴重な資料が収蔵されていました。

昭和59（1984）年からは、幕末・明治にかけての行政資料を多く所蔵する北海道立文書館・国立国会図書館・東京大学史料編纂所などで調査を始め、五稜郭全体の平面図絵、箱館奉行所の庁舎平面図、奉行所の古写真など、五稜郭・箱館奉行所の築造に関する重要な資料を発見しました。

文献資料の調査と並行して五稜郭内の発掘調査が実施され、奉行所庁舎の遺構が良好な状態で保存されていたことが確認され、同時に文献資料の精密さも確かめられていきました。五稜郭の平面図（設計図）からは、武田斐三郎の当初計画よりも、規模が縮小されていった変遷を知ることができました。

奉行所庁舎の平面図からは、柱の位置や部屋割りを詳細に読み取ることができ、さらに遺構からは確認できない2階部分の間取りや各部屋の名称なども知ることができました。実際の発掘調査によるデータと照らし合わせ、絵図面の縮尺割合も正確であることが確かめられています。