箱館奉行所は、日本の北辺防備の拠点として設置された江戸幕府の役所です。当初は箱館山の麓に置かれましたが、内陸の地に移転が計画され、その外堀となる五稜郭と共に1864年（元治元年）に完成しました。
1868年（明治元年）戊辰戦争最後の戦いとなる箱館戦争の舞台となり、旧幕府脱走軍降伏2年後の1871年（明治4年）に解体されました。

地上に存在した期間はわずか7年。
以来、五稜郭は郭内にあるべき奉行所が失われた状態でしたが、2010年（平成22年）、可能な限り建築当時の材料・工法を使用し、庁舎の1/3の規模を史実に忠実に復元。

幕末から明治維新にかけての、ピンと張りつめた時代の空気が感じられる歴史的空間として蘇りました。